Савонлинна — одно из древнейших поселений в Финляндии. История города тесно связана с крепостью Олавинлинна (по-шведски Олафсборг). Она была заложенной шведами в 1475 году и названа Нюслотт (швед. Nyslott, «новый замок»). Тогда же вокруг крепости возникло одноимённое поселение.

В 1534 году Олавинлинна становится центром провинции Саво и в ней проводятся масштабные работы по обновлению укреплений.

В 1639 году Савонлинна получила права города.

Во время Великой Северной войны 29 июня 1714 года Нюслотт был взят русскими войсками. Однако в по условиям Ништадтского мира в 1721 году его вернули Швеции.

В ходе русско-шведской войны 1741-1743 годов, 7 августа 1742 года, город был снова взят русскими войсками. В 1743 году был заключен Абоский мир, по которому крепость отошла к России вместе южной частью района Саво (Старая Финляндия).

Российская империя (1743–1917)

В Российской империи город пребывал под названием Нейшло т.

В 1788 году, в ходе русско-шведской войны 1788—1790 годов, выдержал осаду шведских войск. В 1811 году Нейшлот вместе со всей Выборгской губернией был присоединён к Великому княжеству Финляндскому.

Финляндия

В годы Зимней войны и последующей войны против СССР в качестве союзника Германии город подвергался бомбардировкам. В конце Зимней войны, 1 марта 1940, во время налётов советской авиации был сильно повреждён Кафедральный собор.

В 1973 году община Сяаминки была упразднена, и основная её часть была объединена с Савонлинной.

В 2009 году муниципалитет Савонранта объединился с Савонлинной.